El topónimo o nombre de la villa de Tabanera le vino dado por tratarse de un lugar abundante de tábanos y no de lo relacionado del verbo latino “Tabere”, licuarse o descomponerse y menos de “tabes saliu” suelo estéril, como se ha venido afirmando.
Ya en el fuero de Palenzuela de 1072-1109 se citaba a esta localidad como “tavanera”, fuero otorgado por Alfonso VI. Cerca de Tabanera ya aparecían los despoblados de Olmos, Ontanilla- en el pago conocido como “Los Casares”- y Oruejo, donde se conserva un molino en el arroyo de Tabanera a Palenzuela, siendo Oruejo un diminutivo de orno. Otro despoblado cercano era el de Pozuelo donde nace el arroyo así llamado.
A finales del siglo IX las huestes de Alfonso III el Magno reconquistó esta zona; en los siglos XII y XIII se construyó el primitivo templo de San Esteban de estilo románico donde hoy se levanta la iglesia actual. A mediados del siglo XVI Tabanera era un lugar propio de la reina, en 1561 Juan Manrique, consejero de Felipe II, compró el señorío de la villa para poco después ser villa del señorío del Almirante Enriquez, para mantenerse un pleito a mediados del siglo XVIII entre la Duquesa de Alba y el Conde de Benavente, cuando la villa contaba con 80 vecinos.
En 1955 la villa pasó de pertenecer de la Archidiócesis de Burgos a la diócesis de Palencia, como otros pueblos del Cerrato.
Tabanera de Cerrato disponía de 213 habitantes en 1827, de 364 en 1849, de 461 en 1900, de 590 en 1930, de 538 en 1960, de 208 en 1991 y de 131 en 2006.